knitr::opts_knit$set(root.dir = '../../../')
library(stringr)
library(ggplot2)
library(dplyr)
## 
## Attaching package: 'dplyr'
## The following objects are masked from 'package:stats':
## 
##     filter, lag
## The following objects are masked from 'package:base':
## 
##     intersect, setdiff, setequal, union

1 Load data

data <- read.table('report/promoter_upstream_downstream_10kb/fetalBrain/intersect.SRX027086.bed.gz', sep = '\t', header = F)

v11.good <- is.na(str_match(data$V14, '[ATGC]'))
v11.strategy1 <- str_match(data$V14, '(.+),.+,.+,.+')
v12.good <- is.na(str_match(data$V15, '[ATGC]'))
v12.strategy1 <- str_match(data$V15, '(.+),.+,.+,.+')
strategy1 <- v11.strategy1
strategy1[v12.good, ] <- v12.strategy1[v12.good, ]  
# strategy1 <- str_match(data$V12, '(.+),.+,.+,.+')
strategy1 <- strategy1[, 2]
class(strategy1) <- 'numeric'
data <- data.frame(strategy1 = strategy1, centisnp = data$V7, motif = data$V4, position = data$V2, strand = data$V6)
data <- unique(data)
motifs <- unique(data$motif)

2 Include all motifs

ggplot(data) + geom_point(aes(x = centisnp, y = strategy1)) +
    geom_abline(slope = 1, intercept = 0, color = 'red') +
    ggtitle('All motifs')

for (i in motifs){
    data.sub <- data[data$motif == i, ]
    cat('\n')
    cat("#", paste('Motif', i), "\n")
    # cat("\n")
    print(ggplot(data.sub) + geom_point(aes(x = centisnp, y = strategy1)) +
        geom_abline(slope = 1, intercept = 0, color = 'red'))
    # cat("\n")
    cat("\n")
}

3 Motif M01532

4 Motif M00713

5 Motif M00451

6 Motif M01620

7 Motif M01122

8 Motif M00084

9 Motif M01175

10 Motif M01118

11 Motif PBM0162

12 Motif PBM0145

13 Motif M00001

14 Motif PBM0087

15 Motif M01525

16 Motif MA0018.2

17 Motif M00338

18 Motif M00041

19 Motif M00078

20 Motif M00797

21 Motif MA0139.1

22 Motif M01259

23 Motif M01200

24 Motif M01065

25 Motif M00693

26 Motif M01182

27 Motif M01933

28 Motif M01838

29 Motif M01818

30 Motif M00654

31 Motif MA0119.1

32 Motif M01196

33 Motif M00615

34 Motif M01981

35 Motif M01167

36 Motif M01550

37 Motif M01951

38 Motif M01700

39 Motif M00697

40 Motif M01935

41 Motif PBM0198

42 Motif PBM0181

43 Motif M00236

44 Motif MA0059.1

45 Motif M00440

46 Motif M00322

47 Motif M01843

48 Motif M00799

49 Motif M00217

50 Motif M00237

51 Motif PBM0101

52 Motif PBM0135

53 Motif PBM0130

54 Motif PBM0097

55 Motif M01992

56 Motif M01990

57 Motif M01989

58 Motif M01988

59 Motif M01987

60 Motif M00032

61 Motif M00428

62 Motif M00986

63 Motif M00491

64 Motif M01639

65 Motif M01241

66 Motif M00108

67 Motif PBM0126

68 Motif PBM0104

69 Motif PBM0103

70 Motif PBM0132

71 Motif PBM0116

72 Motif M01940

73 Motif M00235

74 Motif M01104

75 Motif M01559

76 Motif M01509

77 Motif M01303

78 Motif M01002

79 Motif M00730

80 Motif M00740

81 Motif M01597

82 Motif PBM0121

83 Motif PBM0114

84 Motif PBM0113

85 Motif PBM0107

86 Motif M00244

87 Motif M00916

88 Motif PBM0191

89 Motif PBM0176

90 Motif M00712

91 Motif M00644

92 Motif M00466

93 Motif M00976

94 Motif M01636

95 Motif M01220

96 Motif M01617

97 Motif PBM0105

98 Motif PBM0094

99 Motif PBM0129

100 Motif PBM0128

101 Motif PBM0119

102 Motif PBM0100

103 Motif PBM0110

104 Motif M02039

105 Motif M02037

106 Motif M01982

107 Motif M01979

108 Motif M00262

109 Motif M01660

110 Motif MA0048.1

111 Motif M01114

112 Motif M00940

113 Motif M00939

114 Motif M01492

115 Motif PBM0083

116 Motif M00263

117 Motif PBM0077

118 Motif M00049

119 Motif M00068

120 Motif M00516

121 Motif M01812

122 Motif M00113

123 Motif PBM0082

124 Motif M01613

125 Motif M01050

126 Motif M01558

127 Motif M00441

128 Motif M00942

129 Motif M01577

130 Motif PBM0054

131 Motif M01512

132 Motif M01962

133 Motif M01629

134 Motif M01634

135 Motif M00345

136 Motif M00649

137 Motif MA0003.1

138 Motif M00470

139 Motif M00469

140 Motif M00698

141 Motif M01649

142 Motif M00182

143 Motif M01852

144 Motif M01635

145 Motif M01972

146 Motif M00243

147 Motif M01947

148 Motif M01648

149 Motif M01903

150 Motif M00694

151 Motif M00036

152 Motif M01862

153 Motif M01820

154 Motif M01586

155 Motif M00917

156 Motif M00691

157 Motif M00513

158 Motif M00017

159 Motif M01863

160 Motif M01187

161 Motif M01186

162 Motif M00179

163 Motif M00178

164 Motif M01861

165 Motif M00981

166 Motif M00946

167 Motif M00944

168 Motif M00375

169 Motif M00039

170 Motif M00514

171 Motif M00121

172 Motif M00369

173 Motif M00187

174 Motif M01584

175 Motif MA0104.2

176 Motif MA0024.1

177 Motif M00739

178 Motif M00738

179 Motif M00737

180 Motif M00736

181 Motif M00050

182 Motif M00727

183 Motif MA0007.1

184 Motif M01958

185 Motif M01544

186 Motif M01959

187 Motif M00426

188 Motif M00936

189 Motif M01816

190 Motif PBM0079

191 Motif M01068

192 Motif PBM0085

193 Motif M01517

194 Motif M00431

195 Motif M00427

196 Motif M00706

197 Motif M01587

198 Motif MA0057.1

199 Motif M00070

200 Motif M00927

201 Motif M00918

202 Motif M01925

203 Motif M01643

204 Motif MA0088.1

205 Motif M00425

206 Motif M00492

207 Motif PBM0172

208 Motif PBM0171

209 Motif M01673

210 Motif M01625

211 Motif M00973

212 Motif M00796

213 Motif M00069

214 Motif MA0117.1

215 Motif M01503

216 Motif MA0055.1

217 Motif M01302

218 Motif M01216

219 Motif M01917

220 Motif M02036

221 Motif PBM0200

222 Motif M01793

223 Motif M00985

224 Motif M00539

225 Motif M00945

226 Motif M00371

227 Motif M00370

228 Motif M00220

229 Motif M00660

230 Motif M01057

231 Motif M00762

232 Motif M01681

233 Motif M01035

234 Motif M01752

235 Motif M00064

236 Motif M01815

237 Motif M01256

238 Motif M00325

239 Motif M00256

240 Motif M01028

241 Motif M01911

242 Motif M00245

243 Motif M00435

244 Motif M01642

245 Motif M01742

246 Motif M00652

247 Motif M00361

248 Motif M00497

249 Motif M00171

250 Motif M01744

251 Motif M01513

252 Motif M00666

253 Motif M00651

254 Motif PBM0099

255 Motif M01571

256 Motif PBM0066

257 Motif M01567

258 Motif M01957

259 Motif M01511

260 Motif M00024

261 Motif M01662

262 Motif M00919

263 Motif M01548

264 Motif M00281

265 Motif M00991

266 Motif PBM0081

267 Motif PBM0134

268 Motif M01768

269 Motif M00141

270 Motif M01298

271 Motif M01938

272 Motif M00806

273 Motif M00193

274 Motif M01116

275 Motif M01909

276 Motif M00284

277 Motif PBM0156

278 Motif PBM0140

279 Motif MA0138.2

280 Motif M01927

281 Motif M00394

282 Motif M00396

283 Motif M01054

284 Motif M01608

285 Motif M00104

286 Motif PBM0173

287 Motif PBM0142

288 Motif M01960

289 Motif M00701

290 Motif M01251

291 Motif PBM0125

292 Motif M00788

293 Motif M01737

294 Motif M01243

295 Motif M01111

296 Motif M00490

297 Motif M00210

298 Motif M01946

299 Motif M00279

300 Motif M00280

301 Motif MA0069.1

302 Motif M00626

303 Motif M01598

304 Motif M01477

305 Motif M01779

306 Motif MA0111.1

307 Motif M00292

308 Motif M01646

309 Motif MA0091.1

310 Motif MA0058.1

311 Motif M01910

312 Motif M00930

313 Motif M00795

314 Motif MA0140.1

315 Motif M00065

316 Motif PBM0133

317 Motif PBM0205

318 Motif M01394